Qurandakı ayələrin həqiqi mənasını təhrif etmək üçün bir sıra ateistlər Qurandan bir ayə tapır, sonra onu konteks (mətn) daxilindən çıxardaraq məqsədli şəkildə öz istədiyi kimi təhrif olunmuş məna verir və insanları çaşdırmağa çalışırlar. Qurandakı bəhs edilən ayələri başa düşmək üçün onları konteks daxilində oxumaq və hansı hadisə ilə əlaqədar olaraq nazil edildiyini bilmək lazımdır. Qurani Kərimi tam olaraq, bütöv şəkildə oxumaq lazımdır və peyğəmbərin (s.a.s) həyatını bilmək lazımdır. 

Əslində bu qayda bütün digər elm sahələrinə də aiddir. Əgər istənilən bir elm kitabından bir cümlə götürüb burda yazsaq əksəriyyət insanlar bunun həqiqi mənasını tam başa düşməzlər. Çünki gərək əvvəlki mövzuları da biləsən ki, onu başa düşəsən. Quranda da eynidir. Ateistlərin “şiddət” deyə adlandırdıqları ayələr konteksden çıxarılıb ayrılıqda oxunulsa və hansı hadisə ile bağlı olduğu göstərilməsə əlbəttə ki, mənası istənilən kimi təhrif oluna bilər. Necə ki, bir çox atesitlər bilərəkdən bunu edirlər.

Məsələn, ateistlərin mənasını təhrif etməyə çalışdıqları Bəqərə surəsi 191-ci ayəni kontekst daxilində oxuyaq:

190.(Ey mö’minlər!) Sizinlə vuruşanlarla siz də Allah yolunda vuruşun, lakin həddən kənara çıxmayın. Allah həddi aşanları sevməz!
191. Onları (Məkkə müşriklərini) harada görsəniz öldürün. Sizi çıxartdıqları yerdən (Məkkədən) siz də onları çıxardın. Fitnə (müşriklərin fitnəsi) qətldən daha şiddətlidir. Onlar sizinlə Məscidülhəram yanında vuruşmayınca, siz də onlarla orada vuruşmayın! Əgər (orada) sizinlə vuruşsalar, siz də onları öldürün. Kafirlərin cəzası ancaq budur!
192. Əgər onlar (vuruşdan və Allaha şərik qoşmaqdan) vaz keçərlərsə, şübhəsiz, Allah bağışlayandır, rəhm edəndir!
193. Fitnə (müşriklərin fitnəsi) aradan qalxana qədər və din (ibadət) ancaq Allaha məxsus edilənədək onlarla vuruşun; əgər onlar (bu cür hərəkətlərə) son qoyarlarsa (siz də onlarla vuruşmaqdan vaz keçin!), çünki düşmənçilik ancaq zülm edənlərə qarşı olur.

Burdan aydın olur ki, həmin ayələrdə söhbət müsəlmanlara qarşı vuruşanlardan gedir. Başqa sözlə, 191-ci ayədən əvvəlki 190-cı ayədə Allah Teala (c.c.) müsəlmanlara “Sizinlə vuruşanlarla siz də Allah yolunda vuruşun, lakin həddən kənara çıxmayın. Allah həddi aşanları sevməz!” deyə buyurur. Məntiqlə düşünsən, erməni ilə müharibə vaxtı komandir sənə “harda erməni görsən öldür” yaxud “harda düşmən görsən atəş aç” əmri verəcək. Yoxsa sənə deməyəcək ki, “get, erməniyə bir dəstə gül ver”. Bu qədər sadə məntiqdir. Bunu təhrif edib özünə sərf edən şəkildə “şiddət” damğası vurmaq nəinki qərəzlilik, həm də vətən və Allah yolunda cihad edərək şəhid olmuş Mubariz Ibrahimov kimi bir çox müsəlmanların adına təhqirdir.

“Cihad” sözü, Qərb dillərində ümumiyyətlə “müqəddəs savaş” (holy war) şəklində tərcümə edilmişdir. Bu şəkildə bir tərcümə, İslamiyyəti silah gücü ilə yayılan bir din olaraq göstərmə əzmindən qaynaqlanır.
Halbuki, “cihad” sözünün qarşılığı “döyüş” deyil. Allah (c.c) yolunda döyüşmək də bir növ cihad olmaqla bərabər; cihad sözü, Allahın (c.c) dinini hər tərəfə çatdırmaq üçün edilən hər cür fəaliyyət və hərəkəti əhatə edir.

İslam boş yerə, haqsız, özünə zərər verməyəcək olan ilə döyüş əmr etməz. Son ayədə də deyildiyi kimi düşmənçilik ancaq zalımlara qarşıdır. Mömin və inanan bir insan zalıma qarşı döyüşmürsə bu onda bir əskiklikdir.